Docteur en histoire de l’art (Charles Errard, l’ambition du décor, 2004, publ. Paris, Arthéna, 2013) et ancien pensionnaire de la Villa Médicis (1998-1999), Emmanuel Coquery s’est dans un premier temps spécialisé dans l’art du XVIIe siècle français dans une approche résolument interdisciplinaire, au croisement de la peinture, des objets d’art et de l’architecture.
Ancien élève de l’École nationale du patrimoine (1993-1994), il a occupé diverses fonctions patrimoniales au musée des Beaux-Arts de Nantes (1995-1997), au département des objets d’art du musée du Louvre (1997-2004), comme directeur des musées de Troyes (2004-2007), fonction dans laquelle il réoriente ses recherches sur la fin du XIXe siècle et le début du XXe siècle.
Il a également été directeur scientifique adjoint de l’Agence France-Muséums (2008-2011), en charge du Louvre Abu Dhabi, puis directeur du patrimoine de la maison Chanel (2011-2017), avant d’être nommé directeur scientifique de la Réunion des musées nationaux - Grand Palais (2017-2019).